Ini adalah kelemahan terbesar. Total hanya 29 ekor, dengan distribusi yang sangat timpang: Saanen betina tanpa pial hanya 2 ekor, Saanen jantan hanya 2 ekor total (1 tanpa pial + 1 dua pial). ANOVA faktorial 2×2 idealnya membutuhkan minimal 5–10 observasi per sel, bukan 2–3. Sampel yang sangat kecil per sel menyebabkan kekuatan uji (statistical power) menjadi rendah, sehingga hasil "tidak signifikan" belum tentu berarti benar-benar tidak ada efek.
Pada 4 dari 6 variabel di faktor pial (lingkar dada, tinggi pinggul, lebar dada) dan 1 variabel di faktor bangsa (lebar dada), nilai ragam genotipik bernilai negatif lalu dianggap nol. Ini bukan sekadar catatan teknis — ini sinyal kuat bahwa model tidak cukup kuat mendeteksi varians genetik akibat sampel kecil. Dengan mayoritas KKG = 0, analisis keragaman genotipik berdasarkan pial sesungguhnya tidak dapat memberikan informasi yang bermakna.
Patokan "rendah < 5%, sedang 5–14,5%, tinggi > 14,5%" diambil dari Halide dan Paserang (2020) yang meneliti kentang (Solanum tuberosum). Ternak dan tanaman memiliki karakteristik genetik, siklus hidup, dan respons lingkungan yang sangat berbeda. Penggunaan kategorisasi lintas kingdom ini perlu justifikasi yang kuat, atau mencari referensi dari penelitian ternak.
KKG dalam skripsi ini diestimasikan dari komponen varians ANOVA: (MSg − MSe)/r. Secara teknis ini adalah estimasi ragam genetik (varians genetik) berbasis fenotip, bukan "keragaman genotipik" dalam pengertian genetika molekuler (yang biasanya merujuk pada variasi DNA/alel). Istilah "keragaman genotipik" berpotensi membingungkan karena bisa disalahartikan sebagai variasi pada tingkat gen/alel.
Tidak ada informasi pedigree/silsilah yang disajikan untuk memastikan bahwa kambing Sapera yang digunakan adalah keturunan langsung F1 dari Saanen × PE, bukan F2, backcross, atau generasi lainnya. Ini penting karena proporsi darah Saanen berpengaruh pada ekspresi fenotip dan interpretasi perbandingan dua bangsa tersebut. Di UPTD BPPTDK Sumedang bisa jadi kambing Sapera sudah beberapa generasi.
Ada kambing Saanen jantan dengan 2 pial (1 ekor) dan jantan tanpa pial (1 ekor) dalam data, namun tidak diikutsertakan dalam analisis pial. Selain itu, 1 ekor Sapera betina berpial 1 juga dikecualikan karena tidak masuk ke kelompok manapun (hanya 0 pial vs 2 pial yang dibandingkan). Penjelasan mengenai keputusan ini tidak diuraikan secara eksplisit dalam metode.
Dalam metode hanya disebutkan uji normalitas, namun Levene's test (uji homogenitas varians — salah satu asumsi utama ANOVA dan t-test) tidak dijelaskan apakah telah dilakukan. Untuk ANOVA faktorial dengan kelompok yang sangat tidak seimbang, pelanggaran asumsi homogenitas varians akan memengaruhi validitas nilai F dan p yang dihasilkan.
Nilai r = 7,62 digunakan baik untuk perhitungan KKG berdasarkan bangsa (Saanen=5, Sapera=16) maupun berdasarkan pial (tanpa pial=16, 2 pial=5). Distribusi sampel antara kedua faktor ini adalah kebalikan persis satu sama lain. Nilai r yang identik ini perlu dijelaskan secara matematis apakah memang tepat, atau apakah seharusnya menggunakan nilai r yang berbeda untuk masing-masing faktor.
Seluruh data berasal dari satu unit di UPTD BPPTDK Sumedang. Tidak ada uraian mengenai kondisi manajemen pemeliharaan (standar pakan, sistem kandang, program kesehatan) yang menjadi sumber variasi lingkungan. Padahal hasil penelitian menunjukkan KKF > KKG pada semua variabel, berarti faktor lingkungan dominan — tetapi faktor lingkungan spesifik apa tidak dapat dijelaskan.
Penelitian dilakukan pada kambing perah (Saanen dan Sapera) yang tujuan utama pemuliaannya adalah produksi susu. Namun data bobot badan dan produksi susu tidak disertakan, sehingga hubungan antara rekomendasi seleksi morfometrik (panjang badan) dengan tujuan akhir pemuliaan perah tidak dapat diuji atau didiskusikan secara kuantitatif.
Pada Lampiran 5 (ANOVA faktorial 2×2), nilai Sig. untuk faktor Bangsa pada variabel Lingkar Dada tercantum sebagai "0,29". Jika nilai ini benar, berarti tidak signifikan (P>0,05), namun dalam Tabel 5 dan pembahasan dinyatakan bahwa bangsa berpengaruh signifikan terhadap lingkar dada. Kemungkinan besar nilai yang benar adalah "0,029" (ada desimal yang hilang), namun penulis harus siap menjelaskan.
Dari keenam variabel ukuran tubuh, panjang badan relatif konsisten tidak menunjukkan perbedaan signifikan antara jantan dan betina, baik pada populasi gabungan maupun pada Sapera saja. Ini menarik karena variabel lainnya (termasuk panjang badan absolut) signifikan. Penjelasan biologis yang lebih mendalam diperlukan — apakah ini terkait dengan cara pengukuran (horizontal vs diagonal)?
Panjang badan absolut (KKG 14,10%) dan relatif (KKG 13,36%) direkomendasikan sebagai kriteria seleksi karena memiliki KKG tertinggi. Namun keduanya masih berada di kategori sedang (5–14,5%), bahkan panjang badan absolut hampir tepat di batas atas kategori sedang. Apakah nilai ini cukup tinggi untuk menjamin efektivitas seleksi yang bermakna di lapangan?
✦ Strategi Menghadapi Pertanyaan Penguji
Untuk kelemahan terkait sampel kecil, akui secara terbuka dan jelaskan konteksnya: populasi kambing Saanen murni di Indonesia memang terbatas. Tegaskan bahwa penelitian ini bersifat eksplorasi awal dan rekomendasi untuk penelitian lanjutan dengan sampel lebih besar sudah tercantum dalam Saran. Untuk isu kategorisasi KKF/KKG dari tanaman, siapkan argumen bahwa prinsip matematis perhitungan KKF/KKG bersifat universal, dan kategori tersebut digunakan sebagai panduan interpretasi relatif. Tunjukkan penguasaan materi dengan tetap tenang dan tidak defensif — penguji menghargai kesadaran ilmiah yang jujur.